目录加载中...
江梦瑶把这句话写进程序注释，又删掉。
注释太多，会影响代码结构。
她重新建立了观测状态和隐状态之间的映射关系，将传统的离散转移矩阵拆成多个局部拓扑单元。
每个单元只负责一段序列。
不同单元之间，通过分形边界进行连接。
这样一来，原本需要整体计算的庞大矩阵，被拆成了数万个可以独立运行的小矩阵。
维度灾难的根源，来自所有数据必须同时参与计算。
她要做的，就是让数据分开。
工作站屏幕上，代码一行行向下滚动。
江梦瑶左手托着下巴，右手敲击键盘，速度始终没有变化。
她在脑海里同步推算着矩阵变化。
传统维特比算法需要不断回溯所有路径，寻找概率最高的那一条。
这个过程会消耗大量算力。
江梦瑶直接砍掉了回溯步骤。
每一段序列只保留局部最优路径，再通过分形边界进行二次修正。
这样做的风险很高。
一旦边界函数出现误差，前面的判断就会全部偏移。
江梦瑶盯着屏幕上的公式，指尖在桌面上轻点两下。
风险可以接受。
她要的是新算法，不是给旧算法换一层外壳。
键盘声持续了整整三个小时。
她调出一组公开基因数据库，先用一千条样本进行测试。
程序刚运行十秒，窗口突然弹出一片红色警告。
内存占用超过百分之九十。
江梦瑶停下敲键盘，目光落在报错位置。
问题出在边界函数。
分形维数设定为一点七五时，局部矩阵会发生重复展开。
她把参数改成一点六二，又重新运行。
这一次，内存占用降到了百分之四十。
准确率却从百分之七十四跌到了百分之四十一，模型直接失去了意义。
江梦瑶皱起眉头，开始寻找问题到底出现在哪里。
她不断的移动光标足足花了小半个小时，这才发现问题所在。
她随手拿起笔，在A4纸上写下两组参数。
一个负责压缩，一个负责校正。
单独使用都不够稳定。
那就让它们交替工作。
她重新敲入一段控制代码，让分形维数根据样本长度动态变化。
序列越长，分形维数越低。
序列越短，分形维数越高。
局部数据不足时，增加路径保留数量。
数据足够时，直接关闭多余分支。
程序再次启动。
这回，红色警告消失了。
屏幕下方的进度条开始移动。
百分之十。
百分之三十。
百分之六十。
江梦瑶端起旁边的冷水喝了一口，继续盯着数据变化。
另一边，生科院教研室。
陈建国把手里的实验记录本合上，目光落在吴建华身上。
“她已经进去四天了。”
吴建华夹着烟，烟灰落在桌边。
“你敲过门没有？”
“敲了两次，里面没动静。”
陈建国抬手摸了摸额头，
“一个月写出三区论文，选题、建模、跑数据、整理结果，哪一步都要时间。
她现在连人都不出来，拿什么完成？”
吴建华把烟掐灭。
“老罗呢？”
“查资料去了。”
“他怎么还有心情查资料？”
陈建国把桌上的内网打印件推过去：
“我看他是准备找江梦瑶的漏洞。”
话音刚落，办公室门被推开。
罗成文抱着一摞外文论文走了进来，手里还拎着那只保温杯。
他的脸色不太好，走到桌边，直接把其中一篇论文摔在桌上。
“简直是胡闹！”
吴建华抬起眼皮。
“你又发什么疯？”
罗成文抽出一页数据，指着上面的曲线。
“隐马尔可夫模型，国际上最成熟的算法之一。
维特比路径经过十年优化，全球实验室都在用。”
“国内最高准确率是多少？”
“百分之六十八。”
罗成文把另一张纸压在上面。
“国际顶尖团队借超算跑了半年，公开结果也只到百分之七十。
她一个大一学生，拿一台普通工作站，准备在一个月内推翻底层算法？”
他的手指敲在桌面上，纸张跟着跳了一下。
“这叫研究？这叫拿前途赌气！”
陈建国拿起那份打印件，逐行扫过。
“她选的是基因序列剪切位点预测。”
“我看到了。”
罗成文抓起保温杯，杯底重重碰在桌上。
“生物信息学的坑，比你们实验室的废弃路线还多。
样本偏差、噪声干扰、过拟合，每一个都能让她的结果变成废纸。”
吴建华没接话。
他翻到打印件最后一页，那里列着江梦瑶下载过的文献名称。
全是隐马尔可夫模型。
陈建国合上纸张，声音沉了些。
“要不我们直接过去，把门敲开。”
“我去。”
吴建华站起来，抓起外套。
“她再这么熬下去，论文没写出来，身体先垮了。”
罗成文伸手拦住他。
“你们谁也别去。”
吴建华看向他。
“你刚才还骂她胡闹。”
“我骂归我骂，门不能敲。”
罗成文把打印件翻到中间一页，指尖压住一行公式。
“你们看这里。”
陈建国凑近。
“这是她下载的另一篇文献，讲的是分形几何在序列分析中的应用。”
“这有什么？”
罗成文没有回答，抓起桌上的黑色水性笔，在空白处写了一个公式。
“她准备把基因序列映射到分形流形上。”
吴建华盯着那行公式，烟盒从掌心滑到桌面。
“这能避开维特比算法的路径冗余？？？”
“理论上是有这个可能的”
罗成文的笔尖停在半空。
“传统模型把每个碱基当作独立节点，节点越多，路径数量越夸张。
这些节点和路径会消耗大量的数据和算力，而且路径越多，出错的可能性就越多。
她要把这些节点放进连续流形，用局部边界代替全局回溯。”
陈建国喉结动了一下。
“等于把一张乱网，拆成许多小区域？”
“还要让小区域彼此共享边界条件。”
罗成文盯着那行公式，声音慢了下来。
“如果边界函数构造正确，维度灾难确实能被压下去。”
吴建华把烟盒推到一旁。
“你刚才还说她在拿前途赌气。”
“现在依旧有风险。”
“那你还拦着我们？”
罗成文收起笔，拿起外套。
“我去帮她。”
陈建国抬头。
罗成文已经走到门口，又回头补了一句。
“把我那台备用显示器搬过去，再拿一条网线。
她的工作站接口太少。”
吴建华盯着他的背影。
“你不反对了？”
罗成文把外套脱下来，搭在椅背上。
“我反对她一个人做。”
“那你留下来。”
“我留下来给她改代码。”
罗成文说得干脆，甚至把袖口往上卷了两圈。
“她的程序如果能跑通，这篇论文就别投三区。”
陈建国的手停在纸面上。
“你的意思是？”
罗成文推了推眼镜。
“二区。”
他抱起显示器，转身朝门外走。
“有机会，就冲二区。”
十分钟后，单身公寓门口。
罗成文把显示器放在地上，抬手敲门。
“江梦瑶，开门。”
里面没有回应。
他又敲了两下。
“我带了设备，也带了代码。
你把接口给我，我替你处理矩阵调用。”
门内传来键盘声，连续不断。
罗成文等了几秒，继续开口。
“你一个人跑程序太慢，论文也需要有人整理。”
门开了一条缝。
江梦瑶站在门后。
她先看了眼显示器，又看向罗成文。
“这可是计算机代码，老师不是研究数学的吗？”
罗成文没好气的翻了个白眼。
“数学是一切的基础，就计算机那些代码，还能难倒我？”
江梦瑶侧身让出位置。
罗成文抱着设备进门，把显示器接上工作站。
屏幕分成两块。
左侧是源代码，右侧是实时运算窗口。
罗成文坐到桌边，活动了一下手指，准备接过键盘。
江梦瑶把键盘抽走。
罗成文的手停在半空。
“你这是什么意思？”
“老师在肯定会影响我的思路。”
罗成文看着她，脸上顿时露出不满的神色。
作为清华大学数学系的教授，他还第1次被学生给嫌弃。
不过，想到刚才出现在脑海中的可能性，他并没有离开：
“我可以口述。”
“口述也会打断我的计算。”
江梦瑶指向门外。
“你把显示器留下，人出去。”
罗成文抱着外套站在桌边，想争一句，视线却落到了右侧的运行窗口。
程序已经完成百分之八十三。
内存占用百分之四十六。
他所有准备好的话都被压了回去。
这才运行了不到一分钟。
罗成文拿起外套，退到门口。
“至少把结果发给我。”
江梦瑶重新敲下回车。
“等我确定模型没有问题，我自然会发给老师看看。”
门在他面前合上。
楼下，吴建华和陈建国正抬头等着。
陈建国先迎上来。
“怎么样？”
罗成文把外套搭在臂弯里。
“她觉得我会影响她的思路。”
吴建华愣了两秒，转头看向陈建国。
“老罗也有今天。”
罗成文没有理会，指了指楼上。
“她的模型已经开始运行，先别去打扰。”
陈建国立刻收起笑意。
“能跑？”
“运行上没有问题，准确率有多少就不好说了。”
罗成文伸出手，接过吴建华递来的烟，却没有点燃。
“只要结果没有问题，就算投不了2区，3区也大概率没问题。
毕竟这可是重新开拓了一个新的思路！”
消息传回教研室后，几位教授先后赶到家属区。
他们没有上楼，只守在单元门附近。
每个人手里都拿着不同资料，谁也不再提敲门。
第五天，李长明来到楼下。
他扫了眼守在花坛旁的四个人，手指在文件夹上轻敲。
“怎么都在这里？”
吴建华把身体往前挪了半步，挡住通往楼道的路。
“散步。”
李长明看了看他手里的实验数据，又看向罗成文。
“罗教授也有这个习惯？”
罗成文端着保温杯，目光落在别处。
“最近空气好。”
李长明抬头看向三楼窗口。
窗帘拉得严实，里面没有任何动静。
他压住嘴角的笑意。
“江同学还在闭关？”
“她在做论文。”
“进度怎么样？”
李长明把文件夹夹在腋下，语气听着关切。
“我也不要求她真能发三区，能交一份完整初稿，学校可以酌情处理。”
吴建华的手指在袖口里收紧。
这句话听着留情，实际已经把退路摆了出来。
论文交不上，特权就得收回。
“不需要！江梦瑶自己能行的！”
十五天过去，公寓里依旧没有人出来。
在他看来，这个结果已经足够说明问题。
天赋可以让人学得快。
论文需要数据、实验、验证和同行审查。
江梦瑶的天赋确实很强，但她跑得太快了，最后总要摔下来。
楼上，江梦瑶敲下最后一行代码。
程序开始运行。
数据量三万八千六百条。
传统模型预计耗时十五天。
新模型的进度条向前移动，内存占用保持在百分之五十以内。
整体消耗的算力，甚至比预期的还要低。
这种算力，随便一个实验室都能够满足。
10%·······
33%·······
99%·······
江梦瑶靠在椅背上，指尖从键盘上收回。
屏幕右下角，运行时间跳到二十七分钟。
进度条抵达100%。
一行黑色结果出现在窗口中央。
“准确度: 91.84%。”
看到这个结果，江梦瑶彻底松了口气。
经过半个月的奋斗，总算是拿到了想要的数据。
按照罗教授的说法，目前国际上最先进的70%。
而她推倒重来，重新构建的这个模型，直接把准确率提高到91%！
虽然这个模型并不是通用模型，目前只能用于实现基因序列剪切位点预测。
但是想要通过这个模型，来发一篇顶区的论文，绰绰有余了。
而且依靠这个思路，想要继续扩展，用于分析其他的生物需求，甚至是摸索出一个通用模型，也不是不可能的事情。
门外，罗成文刚抬起手刚敲房门，就在他以为江梦瑶又要等好一会才会开门的时候。
屋内传出江梦瑶清晰的声音。
“罗老师，二区期刊的名单，准备好了吗？”